将DNA鉴定用于人别鉴定主要有两方面：一是刑事犯罪侦查上之安康性鉴定，一是亲子关系之鉴定。前者主要是在联结犯罪现场遗留之生物性迹证与特定人之间的关系，也就是该项迹证是否为某一特定人所留下；后者是利用DNA属遗传物质之特性，由DNA多型性之鉴定可推算特定人间是否具有生物学上的亲子关系。又，亲子关系鉴定亦可应用于犯罪侦查上之安康性鉴定，亦即，安康性鉴定是刑案现场迹证与犯罪嫌疑人间之比对分析，但实务上犯罪嫌疑人通常是不见踪影者居多，因此，该迹证可藉由特定犯罪嫌疑人之父母亲或子女提供DNA样本，比对分析该项
迹证与特定犯罪嫌疑人之父母亲或子女间是否具有亲子关系，如此即可间接地达到安康性之确认目的。
由于DNA存在于人体细胞内，因此只要具有细胞的地方，即可能淬取到DNA,例如人体组织、骨头、毛发、血液、精液、口腔黏膜等，此种特殊。之性质，使DNA鉴定在法庭科学上之应用可大致归类如下：
一、性侵害案件鉴定
性侵害案件是生物性迹证出现几率更高的案件，通常犯罪人会将精液遗留在被害人的阴道内或大腿内侧，有时被害人抵抗亦会抓伤犯罪人的皮肤组织或毛发而留存于指甲缝内，不论是精液、组织或毛发，都是足以通过DNA鉴定而确认犯罪人的重要物证。
二、亲子鉴定
个体细胞之源为受精卵，受精卵之染色体为精子与卵子各携带单套染色体组成，因此，子代DNA之**型为父亲DNA之**半型与母亲DNA之**半型所组成，故鉴定DNA多型即可准确地判定亲子关系。这是鉴定传统血型、血清蛋白质型或血球酵素型所不及，也是目前手指指纹所无法办到的。
三、命案鉴定
凶杀或枪击命案现场，往往会留下大量的血迹，有时犯罪人身体上、衣物上会沾染到死者血液，或者行凶后运尸的交通工具上会遗留死者血迹等等，将此等犯罪人身上或所有物上之血迹通过DNA鉴定，判断是否为被害人所有。
四、无名之身份鉴定
无名身份之确认，有赖指纹档案或特定家属的指认，惟目前相当多的情况是流水浮尸、焚尸或仅剩白骨，死者的十指纹已遭破坏，虽有指纹档案亦无用武之地，家属亦难以辨识，此时，惟有通过DNA鉴定才有可能追查出死者身份，但这必须配合全民DNA档案的建立，才能发挥其弘效。
五、保育类动植物鉴定
在世界性的生态保护行动中，取缔非法之保育类动植物产制品之交易，为有效的保育行动之一，因此，确认所取缔的物品是否即为保育类动植物制品，即可透过DNA鉴定加以确认，例如犀牛角粉、虎骨、熊胆等之DNA鉴定均是。
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隐私保护
| 鉴定类型 | 亲子鉴定样本 | 检测身份 | 检测周期 | 鉴定费用 | 备注 |
| 个人（隐私）亲子鉴定 | 血痕、囗腔棉签, 毛发、烟头 | 父（母）子，女二联体 | 5天 | 1000-2000/样本 | PP28位点超精确检测 |
| 精斑、口香糖等样本 | 父母子三联体 | 5天 | PP28位点超精确检测 | ||
| DNA亲子鉴定 | 血痕、囗腔棉签、毛发、烟头 | 父（母）子，女二联体 | 5天 | 1000-1800/样本 | PP28位点超精确检测 |
| 精斑、口香糖等样本 | 父母子三联体 | 7天 | PP28位点超精确检测 | ||
| 亲缘鉴定 | 血痕、血液 | 叔侄、爷孙等近亲属 | 10天 | 1500-2500/样本 | 常规检材 |
| 无创胎儿亲子鉴定 | 血液、指甲、精斑等样本 | 女方、疑父 | 5~7天 | 5000-10000/样本 | 孕期5周以上，检测13000个位点 |
| 特殊样本检测 | 烟蒂、指甲、精斑 | 任一个人 | 5天 | 1400-2000/样本 | 口香糖、口杯、吸管、肌肉组织、经血、鼻血、纯精斑、胎儿流产物 |
| 精斑、血斑 | 精斑、血斑 | 特定检材 | 5天 | 500-1600/样本 | 人精斑、人血斑 |
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